新疆维吾尔自治区维吾尔医医院始建于1954年。1989年，经自治区人民政府批准，更名为“新疆维吾尔自治区维吾尔医医院”，隶属自治区卫生厅。现为一所集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等维吾尔医医院。

医院占地总面积3.52万平方米。医院编制床位500张。设有皮肤科、骨科、妇产科等16个一级临床科室，白癜风、膝骨关节炎、子宫颈糜烂等13个维吾尔医特色专科门诊。有检验科、放射科、CT室、核磁室、B超室、心电图室、腔镜室等医技科室及功能检查部门。

医院制剂室建立于1992年，达到GPP要求。我院配制的维吾尔药制剂共有13个剂型、92个品种，除满足本院临床和科研需求外，还为全疆30多家维吾尔医医院提供维药制剂。

医院目前累计承担科研课题51项，国家级科研项目22项，自治区级科研项目29项。制定了白癜风、宫颈糜烂、膝骨关节炎等15个病种的维吾尔医诊疗指南和白癜风等7个病种诊断标准、疗效评价标准和诊疗指南等21个标准，颁发了白癜风等7个病种的临床路径，出版“白癜风的维吾尔医诊断与治疗”等8部专著。

目前，医院有国家中医药管理局师带徒指导老师2名，继承人5名，院级师带徒指导老师3名，继承人5名。每年标准化培训1200人次、培养住院医师400名、接受实习生150人、进修生100人。我院是中国中医科学院对口支援合作单位，建有中国中医科学院新疆维吾尔医药研究基地、中医/维吾尔医信息应用联合研究室，开办了中国中医科学院（维吾尔医药方向）研究生课程班，已结业学员85名。